V katolické věrouce tvoří zvláštní skupinu tzv. milostné obrazy. Rozumí se tím obrazy, které požívají zvláštní úctu, obdiv a důvěru věřících. Na základě důvěry mariánských ctitelů, kterou vkládali do přímluvy Marie u svého syna, vyprosila Maria mimořádné zásahy do života jednotlivců, měst i zemí. Tak tomu je i s milostným obrazem Panny Marie Svatotomské.
Obraz replikuje nejslavnější a nejvíce rozšířenou byzantskou mariánskou ikonu z kláštera Hodegon na okraji Konstantinopole, proto je tento typ Madon nazýván „Hodegetrie“ a znamená „ta, která ukazuje cestu“. Postava Bohorodičky je mírně potočena k levému rameni, ale pohled je upřen přímo na diváka. Na její levé ruce je zobrazen Ježíš, přestavující vtělený Logos, symbolizovaný svitkem v levé ruce, zatímco pravice je v žehnajícím gestu.
A svatotomská ikona se skutečně stala průvodkyní nejen pro město Brno, ale i pro celou Moravu. Tak si vysloužila titul Gemma Moraviae, to je Drahokam či Perla Moravy. Stala se proslulým útočištěm mariánských ctitelů v nejrůznějších životních nesnázích a pro mimořádná vyslyšení začala být titulována také jako Thaumaturga = řecky – Divotvůrkyně.
P. Marii Svatotomské ovšem náleží ještě jeden titul: „Palladium města Brna“, což znamená „zaručující trvání města“. Vždyť její přímluva za ochranu Brna při útoku švédské armády v roce 1645 se stala známá po celé Evropě.
Nejstarší nám dochované vypsání původu posvátného obrazu pochází z roku 1493. Vzniklo asi v klášteře augustiniánů v Brně a bylo otisknuto ve slavnostním korunovačním díle „Gemma Moraviae" vydaném v roce 1736.
Tento tisk hovoří o tom, že obraz, který namaloval sám sv. Lukáš a byl uschován v jeruzalémském chrámu, nalezla císařovna sv. Helena (+330), matka císaře Konstantina, při své pouti do Svaté země společně s ostatky sv. Tří králů a Ježíšovým křížem a dovezla ho do Cařihradu. Odtud se dostal do Milána, kde byl uložen až do zničení města císařem Fridrichem I. Barbarossou r. 1162, kdy byl jako válečná kořist obraz spolu s ostatky sv. Tří králů odvezen do Kolína nad Rýnem. Od císaře ikonu za vojenskou pomoc dostal český král Vladislav II., který ji uložil v královské klenotnici baziliky sv. Víta v Praze.
Když se stal Karel IV. císařem, odevzdal r. 1350 svému mladšímu bratrovi Janovi Jindřichovi Lucemburskému markrabství moravské. Jan v Brně založil augustiniánský klášter a kostel Zvěstování Panny Marie a svatého Tomáše. U příležitosti jejich vysvěcení věnoval císař Karel IV. svému bratrovi roku 1356 obraz Madony. Jan Jindřich nechal pro obraz zbudovat zvláštní mariánskou kapli a úcta k obrazu se začala rychle šířit.
Tolik praví o jeho původu legenda. Někteří historikové se domnívají, že obraz je nejspíše kopií obrazu z římského kostela S. Maria del Popolo – kde papež Alexander IV. potvrdil založení augustiniánského řádu, jiní jeho původ předpokládají v Miláně - Karel IV. ho zde pravděpodobně získal na své korunovační cestě roku 1355.
Historicky doloženo je, že roku 1357 papež Inocenc VI. potvrdil odpustky za podmínky pouti k mariánskému obrazu v klášterní kapli, stejně jsou doloženy pozdější odpustky olomouckého biskupa Jana IX. ze Středy.
Přestože se Brno za husitských válek ubránilo, byl kostel a klášter, protože byl mimo hradby města, značně poškozen. Následné války a požár zkázu kostela a kláštera dovršily. Kostel byl jen provizorně opravován. V dalších letech upadalo uctívání milostné P. Marie tak, že skoro přišlo v zapomenutí. Přispělo k tomu i zřícení milostné kaple roku 1580.
Proto se s dalšími kroky k obnovení mariánského kultu u sv. Tomáše setkáváme až po roce 1620. Byl to hrabě František z Magnisů, který obnovil roku 1631 milostnou kapli. V roce 1639 založil převor Jiří Gladich bratrstvo P. Marie.
Z let 1626-1726 bylo zaznamenání 240 milostí dosažených přímluvou Panny Marie Svatotomské – zázračná uzdravení všeho druhu, záchrana před ohněm a vodními živly, pády z výšky a ochrana před morem a válkou. Když v roce 1645 Švédové obléhali Brno, stala se Matka Boží útočištěm těžce zkoušeného obyvatelstva, a jak se vypravuje, právě v nejnebezpečnější chvíli se objevil nad městem tento obraz pouze s tím rozdílem, že bylo vidět, jak Panna Maria rozprostírá nad Brnem svůj ochranný plášť. To dodalo obráncům tolik síly, že odrazili nejsilnější švédský útok, po kterém nepřítel z města odtáhl.
V roce 1679 zasáhl Moravu a velkou část Evropy mor. V tomto všeobecném nebezpečí si věřící vzpomněli na Pannu Marii Svatotomskou. Královský tribunál a rada města vyzvaly všechen lid z Brna a širšího okolí, aby se zúčastnil slavného průvodu, který bude kolem města se zázračným obrazem uspořádán, a její pomoc si vyprosili. Ještě týž den začal mor ustupovat a brzy docela zanikl. V roce 1713 se mor opět vrátil a obyvatelé města požádali císaře Karla VI. O povolení dalších dvou průvodu. I tentokrát se Panna Maria slitovala a odvrátila morovou ránu.
Vyvrcholením úcty k P. Marii Svatotomské byla korunovace tohoto obrazu. Podle papežských ustanovení byl předpokladem korunovace věhlas obrazu, který uctívali věřící jako zázračný, staří úcty a rozšíření u uctívatelů, kteří museli přicházet do poutního místa pravidelně a z veliké dálky. Korunovace obrazu v roce 1736 byla pro město obrovskou slávou. Po průvodech slavobránami byla slavnostně usazena do nového stříbrného oltáře. Později byla zhotovena věrná kopie obrazu, která byla používána při dalších procesích, aby originál nedošel úhony. Originál obrazu i jeho kopie jsou dodnes vsazeny do stříbrného oltáře.
Jako za války třicetileté, tak i za válek pruských byla Panna Maria u sv. Tomáše v Brně útočištěm těžce zkoušeného města Brna. I později byla P. Maria u brněnských augustiniánů středem zbožnosti věřících. Když např. pro válečné zmatky nebylo možno v roce 1744 konati obvyklou každoroční pout do Mariazell, hlavního poutního místa celého monarchie, putovali věřící z celé Moravy k brněnským augustiniánům.
Úcta mariánská se rozrůstala utěšeně, až přišly protikatolické výnosy Josefa II. Byla zrušena bratrstva, bylo zakázáno konání poutí a byly rušeny kláštery. Augustiniánský klášter se sice podařilo zachránit před zrušením, ale jeho budova byla r. 1783 zabrána pro politické úřady. Císař Josef II. augustiniánům dovolil, aby si do zrušeného kláštera cisterciaček na Starém Brně, kam je přemístil, vzali posvátnou černou Madonu svatotomskou i nádherný stříbrný oltář.
V roce 1945-46 byl obraz restaurován brněnskou malířkou Hedvikou Böhmovou. Po odstranění všech ozdob byly objeveny nešetrné zásahy a přemalby vzniklé v průběhu staletí. Malba je provedena na desce 86×50 cm. Obraz je namalován olejovo-pryskyřičnou temperou na podložce z jedné topolové a dvou lipových desek. Nahoře a na bocích byl obraz dodatečně poněkud seříznut, dříve patrně jen malované monogramy byly v neznámé době nahrazeny reliéfními řeckými písmeny, zkratky Méthér Theó – Matka Boží. Relikviář, původně umístěný v místě srdce dítěte, byl použit jako spona Mariina šatu. Jak hovoří restaurátorská zpráva, nachází se v něm dva kusy hedvábí, jeden nažloutlý a druhý světle červený. Pod těmito kousky ležel šestimilimetrový čtverhran ztvrdlého, velice jemného plátna nebo pergamenu s tmavou kapkovitou skvrnou. Obrubu tvořila jemná stříbrná spirálka, která držela pásek s latinským textem, potvrzujícím autentičnost relikvie, totiž kapku Kristovy krve pocházející z Mariiny roušky, skropené Kristovou krví, tzv. Sudarium. Tuto nejvzácnější relikvii přinesla do trevírského kláštera sv. Helena. Získání relikvie je dáváno do souvislosti s pobytem Karla IV. před rokem 1354 v trevírském klášteře. Dva topasy na bocích relikviáře jsou poslední z dvaceti čtyř kamenů, tvořících kdysi Mariinu svatozář.
Jako po staletí stále proudí k Panně Marii Svatotomské poutníci vyprošovat si její pomoc a ochranu. Každoroční oslavy vrcholí 15. srpna na slavnost Nanebevzetí Panny Marie.