Ve starobrněnském kostele Nanebevzetí Panny Marie byly pravděpodobně již od počátku nějaké jednoduché varhany. Dle starého zápisu byly v roce 1467 vojsky Jiřího z Poděbrad zničeny kromě výbavy chrámu i varhany.
Další zprávy uvádějí, že cisterciačky zde nechaly v letech 1696 postavit malé varhany a roku 1697 další, velké varhany, oboje jsou dílem slavného loketského varhanáře Abrahama Starka (1659 – 1709). Menší, jednomanuálové mechanické zásuvkové varhany stály na chóru sester v západní části hlavní lodi. Tyto byly po zrušení kláštera cisterciaček v roce 1784 prodány augustiniány do kostela ve Sněžném na Žďársku, kde stojí dodnes. Na boční, severní, hudební kruchtě stály větší zásuvkové mechanické varhany, měly dva manuály a lomený pedál. Tyto velké varhany A. Starka byly v roce 1790 z původního, severního kůru přeneseny na upravený a zkrácený kůr na západní straně kostela a byl k nim přistavěn nový pozitiv v zábradlí. Původní zadní pozitiv byl roku 1790 přenesen na kůr farního kostela sv. Michaela v Šardicích.
Velké Starkovy varhany byly v první polovině 19. století opraveny brněnským varhanářem Františkem Harbichem. Ještě v roce 1872, kdy Leoš Janáček jako posluchač učitelského ústavu zastupoval Pavla Křížkovského, ředitele starobrněnském kůru, hrával Janáček na tyto Starkovy varhany. V té době již pomýšlel Křížkovský, který v té době působil v Olomouci, na nové varhany pro Staré Brno. Před rokem 1876 byly původní Starkovy varhany zbourány a část píšťal hlavního stroje se dostala roku 1879 do nových chórových varhan F. Komínka na bočním kůru.
Protože Křížkovský neměl důvěru k žádnému varhanáři na Moravě, zadal stavbu nových varhan německé firmě Steinmeyer & Comp. v Oettingen.
Tyto Steinmeyerovy varhany, op. 146 byly mechanické s kuželovými vzdušnicemi, byly dokončeny v srpnu 1876 a slavnostně převzaty 30. srpna odpoledne v 17 hodin. Podle dochovaného programu varhany předvedl Leoš Janáček a Josef Foerster.
V roce 1901 se uskutečnila oprava varhan, které původně vyrobila a nyní repasovala firma G. F. Steinmeyer & Co. z Ottingen v Bavorsku. Kolaudační protokol s výtečným hodnocením sepsal ředitel varhanní školy Leoš Janáček. Janáček si Steinmeyerových varhan nesmírně vážil, což je patrné i z jeho žádosti, aby byly uchráněny před konfiskací kovových píšťal pro válečné účely na konci první světové války.
V roce 1961 byly Steinmeyerovy varhany na Starém Brně nahrazeny novým třímanuálovým pneumatickým nástrojem se 43 rejstříky od firmy Rieger - Kloss, op. 3288, tyto byly zasazeny do pseudogotické skříně Janáčkem milovaných původních Steinmeyerových varhan.
Na začátku 21. století byly varhany firmou Varhany s.r.o. elektrifikovány, opraveny a byl zhotoven nový hrací stůl. Varhany mají přes 4000 píšťal.
Dispozice:
I.manuál:
Bordun 16´
Prinzipal 8´
Hohlflöte 8´
Gemshorn 8´
Viola da gamba 8´
Octav 4´
Rohrflöte 4´
Quint 2 2/3´
Octav 2´
Mixtur 1 1/3´
Trompete 8´
II.manuál:
Rohrgedackt 8´
Quintadena 8´
Prinzipal 4´
Nachthorn gedackt 4´
Blockflöte 2´
Quin 1 1/3´
Septimen Kornett 2 2/3´
Akuta 1´
Rohrschalmei 8´
III.manuál:
Salicetbass 16´
Geigen Prinzipal 8´
Amorosa 8´
Lieblich gedackt 8´
Süssflöte 8´
Prinzipal 4´
Querflöte 4´
Violino coelestis 4´
Rohr Nassard 2 2/3´
Waldflöte 2´
Terz Horn 1 3/5´
Sifflöte 1´
Kleine Mixtur 1´
Clarinett 8´
Pedál:
Prinzipalbass 16´
Contrabass 16´
Subbass 16´
Bordunbass 16´
Quintbass 10 2/3´
Octavbass 8´
Gedacktpommer 8´
Violoncello 8´
Choralbass 4´
Rauschbass 5 1/3´
Posaune 16´
Euphon 8´
Spojky a další zařízení
II/I 8´, III/I 8´, II/I 16´, II/I 4´, III/I 16´, III/I 4´, I 4´ - prostavěná
III/II 8´, III/II 16´, III/II 4´, II 16´, II 4 – prostavěná, Tremolo, žaluzie
III 16´, III 4´ - prostavěná, Tremolo, žaluzie
I/P 8´, II/P 8´, III/P 8´, I/P 4´, II/P 4´, III/P 4´
Crescendový válec, pevné kombinace, transposer a setzerový systém
Roku 1879 postavil na bočním kůru brněnský varhanář Filip Komínek jednomanuálové mechanické varhany. V těchto varhanách byly použity některé píšťaly z původních Starkových velkých varhan. Tyto Komínkovy varhany zde sloužily až do konce 20. století, kdy byly rozebrány. Po neúspěšném pokusu o vybudování repliky velkých barokních varhan byly zde v roce 2007 vystavěny „chórové“ varhany opus 22 Žloutek a syn, varhanáři ze Zásady na Mladoboleslavsku. Varhany mají mechanickou trakturu a zásuvkovou vzdušnici, dva manuály a pedál, mechanické spojky a žaluzii. Mají 1270 píšťal.
Dispozice:
I.manuál:
Principál 8´
Flétna dutá 8´
Salicionál 8´
Oktáva 4´
Flétna špičatá 4´
Superoktáva 2´
Kvinta 2 2/3´
Tercie 1 3/5´
Mixtura 1 1/3´
II.manuál:
Kopula 8´
Principál 4´
Flétna trubicová 4´
Flétna lesní 2´
Kvinta 1 1/3´
Akuta 1´
Pedál:
Subbas 16´
Oktávbas 8´
Chorálbas 4´
Kvintbas 5 1/3´
Fagot 16´